除少数病例患侧肾脏已遭到不可逆转的破坏外，均不应贸然作出切除患肾的决定。
1.原位输尿管囊肿
经膀胱镜内切开囊肿，适用于成人，但需注意出血，有时需电灼止血。患儿宜采用耻骨上切开膀胱的手术途径。
2.异位输尿管囊肿
单纯囊肿切开治疗异位输尿管是错误的。手术方法的选择应根据具体病情而定。主要依据患侧肾脏破坏轻重、输尿管扩张程度、对侧肾脏的功能、是否同时有感染和结石等。经耻骨上切开膀胱，将囊肿全部切除包括伸延至尿道部分，以防止术后发生尿道梗阻；切除后，症状一般可获得改善，但感染很少能够及时消失，扩张的肾盂及输尿管可以减轻，但完全恢复正常者罕见。如术后感染严重而无法控制者，可二期作患侧肾、输尿管全切术，如为重复肾则作肾部分切除（包括其所属的全部输尿管）。如伴有膀胱后壁软弱者必须修补。
3.输尿管膀胱再植术
若输尿管囊肿切除后出现膀胱输尿管反流，则应考虑作输尿管膀胱抗反流的再植术。
