男性患儿从14～15岁开始给予口服十一酸睾酮，40mg/d，或十一酸睾酮注射剂或庚酸睾酮注射剂100mg，每4周肌注1次，4个月为1个疗程。疗程结束后，全面评价治疗反应。
女性患儿从13岁开始给予炔雌醇（乙炔雌二醇）5ug/d或结合雌激素0.3mg/d口服，3～4个月为1个疗程。可能1个疗程即足以启动第二性征的发育，并不会引起骨龄提前和阻碍达到预期的最后身高。
如果1个疗程结束后3～6个月自发的青春期仍不启动，可以给予第2个疗程治疗。通常只需1～2个疗程的治疗即可达到目的。当骨龄男孩达到13岁、女孩达到12岁，在1年内青春期会启动。
药理剂量生长激素治疗矮身材儿童仍有争论，生长激素治疗特发性青春期延迟虽可暂时提高生长速度，但是并不能显著增加最后身高，不提倡使用生长激素治疗。
