由于临床表现为多方面，因此需要鉴别的疾病种类也很多。最主要是脑膜脑炎、心肌-心包炎、发疹性疾病和婴儿腹泻。
1.与病毒性脑炎相鉴别 从脑脊液的特征主要与其他病毒性脑炎相鉴别，除抗原-抗体的检测外，用其他方法难以区别。当然，其他病毒脑炎尚有其他伴随表现。
2.与其他心肌、心包炎鉴别 心肌-心包炎需与其他病毒或细菌引起的心肌、心包炎鉴别。因年长儿少见，且不伴心内膜病变，与风湿热鉴别，无实际意义。
3.消化不良、轮状病毒肠炎、致病性大肠埃希杆菌肠炎等鉴别 婴儿腹泻需与消化不良、轮状病毒肠炎、致病性大肠埃希杆菌肠炎等鉴别。
4.与麻疹、风疹、幼儿急疹、药物疹、变应性败血症等鉴别 皮疹需与麻疹、风疹、幼儿急疹、药物疹、变应性败血症等鉴别。
