儿童病毒性脑炎可以通过保持良好的卫生习惯、增强儿童免疫力、预防接种等来预防。儿童在平时要勤洗手，室内多通风，避免被蚊虫叮咬，多运动，保持健康，出门戴口罩，少去人群密集的场所，尤其在病毒性脑炎流行的季节。如果儿童体质比较差，常常容易出现感冒等疾病，可以通过加强饮食营养、加强身体锻炼来增强儿童对感染性疾病的抵抗力，必要时可以给予增强免疫力的药物服用，从而起到预防病毒性脑炎的效果。通过疫苗的接种也能够预防病毒性脑炎。麻疹、腮腺炎、水痘和流感病毒等感染可引起病毒性脑炎，接种相关疫苗可以帮助有效预防相应的病毒性脑炎。
