因为每种类型口炎的病因和症状都不同，所以也需要不同的方法进行治疗，主要包括局部用药配合全身用药进行治疗同时也会用到其它的一些辅助治疗方法。
平时适当锻炼身体，增强身体免疫力。病情严重者患病期间应卧床休息，多喝水维持体液平衡。进食困难者，可输液补充维生素B、C等。
适当补充体液，保持水和电解质的平衡。可给予大量的维生素C，以减少人体过敏反应中活性物质生成，能达到一定的增强抗组胺药对抗过敏反应的效果。
口腔溃疡患者应多吃蔬菜水果，适量补充水分，保持大便的通畅以及口腔的湿润。保证充足的睡眠，避免过度疲劳。同时加强体育锻炼, 增强自身的免疫力。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
全身用药主要有核苷类药物，它是抗单纯疱疹病毒最有效的药物，主要包括阿昔洛韦、更昔洛韦等，脱水或已有肝、肾功能不全患者慎用。局部治疗常用药物有阿昔洛韦软膏局部涂抹，有渗出结痂患者用生理盐水或硫酸锌液湿敷，锌可以影响病毒的复制。
首先立刻停用、去除过敏原，包括可疑致敏药物或其它引起过敏反应的因素（牙齿填充材料、牙膏、化妆品等）。可用抗组胺药物抑制炎症，减少过敏反应症状，包括氯雷他定、赛庚啶等。视病情轻重进行糖皮质激素给药，达到抗炎、抗过敏的治疗目的。例如泼尼松（强的松）、 氢化可地松等。
局部治疗以消炎止痛及预防继发感染为主。可用依沙吖啶等作唇部湿敷及含漱，避免使用致敏药物。
口腔溃疡优先选择局部治疗，以消炎、止痛、促进愈合为原则。局部可以应用消炎药（冰硼散等）、止痛药（利多卡因凝胶等）、促进愈合药（重组人表皮生长因子凝胶等）进行治疗。
对于症状较严重及复发频率高的患者，可局部和全身联合用药。全身用药主要为免疫抑制药（甲氨蝶呤片等）、免疫增强药（转移因子等）和用于抗炎、抗过敏的糖皮质激素（地塞米松片等）。局部治疗与全身治疗相结合， 可达到缩短溃疡发作期， 较少发作次数， 减轻症状的治疗效果。
治疗以疏风清热、 凉血解毒为主。可用银翘散或桑菊饮加减等方剂。中成药可用板蓝根冲剂等。
治疗以清热利湿、凉血疏风为主。可用过敏煎、防风通圣散方剂。
根据中药理论四诊八纲进行辦证治疗：
中成药可使用口炎清颗粒，滋阴清热，解毒消肿。适用于阴虚火旺所致的口腔炎症。服药期间忌烟、酒及辛辣、油腻食物。脾胃虚弱，食少便溏者以及糖尿病患者慎用。
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