小儿脑炎分为一般治疗、对症治疗和特异性治疗。
通常以对症支持治疗为主，急性期正确的支持与对症治疗是保证病情顺利恢复、降低病死率和致残率的关键，同时要加强护理，以减少神经系统后遗症的发生。
除此之外，还包括药物治疗、抗感染治疗等手段。
急性、重症患儿应提供生命支持治疗，涵盖中枢、呼吸、循环、消化等多系统。
对出现昏迷的重症患儿应迅速建立静脉输液通道，吸氧，安置生命指征、血氧浓度监测仪器，以维持正常生命功能。
一旦发现有早期呼吸衰竭，应立刻气管插管进行过度通气，可使脑血管适当收缩、减少颅内脑血流量、降低颅内高压。
若患儿循环衰竭多与呼吸衰竭并存，可根据情况补充血容量，应用升压药、强心剂、利尿剂，并维持电解质平衡。
早期给予肠内营养，昏迷患儿可通过鼻饲或静脉注射营养。同时抗感染、抗休克，不能排除细菌性感染时，应给予经验性抗生素治疗。
患儿应卧床休息，保证能量及营养的供给，以及加强护理，如注意眼、口腔、皮肤等部位的清洁。发烧者还可以用物理降温，如用冷水或30%酒精擦浴，头部、大血管部位冰敷等方法，高热伴抽搐的患者可适当采用亚冬眠疗法以止惊降温。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
小儿脑炎的治疗以药物治疗为主，服用药物包括对症药物、抗病毒药物、抗菌药物等。
物理降温效果不佳者可使用药物退烧，如安乃近滴鼻、口服或注射退热药，可将体温控制在38℃左右。
惊厥发作时可予地西泮静脉注射，其他还有咪达唑仑、苯巴比妥、水合氯醛等镇静药，适用于过度兴奋、多动或惊厥者。
对昏迷、抽搐及颅内压增高者，应及时、适量给予脱水剂，如20%甘露醇、甘油果糖等，还可与地塞米松、速尿联合使用。
适用于肠道病毒所致的中枢神经系统感染者，静脉滴注。
适用于单纯性疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒感染者，静脉输入。
适用于单纯疱疹病毒、EB病毒感染者，静脉滴注。该药物可引起粒细胞减少或血小板减少，一旦发生需减少剂量或停用。
适用于严重中枢神经系统巨细胞病毒感染者，用药期间可出现肾损害，但停药后可恢复，另有约15%的患者可出现血清钙、镁、钾减少，应适当补充。
抗病毒药物还有干扰素或阿糖腺苷。病情严重的中、重度患儿还可选择大剂量丙种球蛋白冲击疗法。
细菌感染所致脑炎患儿应选用适当的抗生素进行治疗，目前常用药物为三代头孢，如头孢噻肟、头孢三嗪、氨苄西林等。
恢复期可用神经营养药物如脑活素、胞磷胆碱、弥可保、1，6-二磷酸果糖、ATP、辅酶A、维生素C等。
对于轻中度病毒性脑炎应慎用糖皮质激素，对于重症或伴有顽固性颅内高压患者，早期短疗程应用激素可减少炎症等并发症的发生，常用药物有地塞米松、甲泼尼龙等。
对高热、抽搐、昏迷者可使用牛黄安宫丸、清开灵冲剂等中成药进行治疗。
恢复期可进行功能锻炼、推拿按摩、针灸、智力开发等康复治疗。
