与其他病原引起的小儿肺炎相鉴别，如溶血性链球菌、肺炎链球菌和葡萄球菌等;病毒为病原体的肺炎，主要有RSV、腺病毒、副流感病毒、甲型和乙型流感病毒等。主要依赖实验室检查结果鉴别。

　　临床所见绝大多数为细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、真菌和寄生虫等引起的感染性肺炎，其中以细菌最为常见。肺炎的病原体因宿主年龄、伴随疾病与免疫功能状态、获得方式(社区获得性肺炎或医院内肺炎)而有较大差异。

　　社区获得性肺炎的常见病原体为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、军团菌、厌氧菌以及病毒、支原体和衣原体等，而医院内肺炎中则以绿脓杆菌与其他假单胞菌、肺炎杆菌、大肠杆菌、阴沟与产生肠杆菌、变形杆菌、耐甲氧西林金葡菌(mrsa)和真菌等常见。吸入性肺炎大多数为厌氧菌感染。