小儿霉甘蔗中毒应与有机磷中毒和中枢神经系统感染相鉴别。
1.有机磷中毒：一般中毒的原因是直接皮肤接触、呼吸道吸入及误服、误用。瞳孔缩小是有机磷农药中毒的重要体征，除此以外，还有分泌物增多和神经系统症状，如头晕、乏力，重症者神志恍惚，甚至呈现昏迷，阵发性惊厥状态，严重者发生脑水肿或中枢性呼吸衰竭直至死亡。
2.中枢神经系统感染：包括脑膜炎、大脑炎、脑炎、脓肿以及蠕虫感染。中枢神经系统对各种病原体的侵犯有较强的抵抗力，但是脑和脊髓一旦受到感染则后果非常严重。有发热、头痛及呕吐史，有脑征，但脑脊液检查有特异性改变。
