心内膜垫缺损的确切病因尚不清楚，与其他先心病一样，可能为遗传因素与环境因素相互作用的结果。遗传因素指染色体异常和基因畸变；环境因素中较为重要的是孕早期病毒感染、服用细胞毒性药物、接触有毒有害物质、接受过量辐射等。由于胚胎期心脏形成是在孕早期3个月内完成，因此，这一时期如有任何干扰心脏形成的高危因素存在，均可能诱发心脏畸形。
胚胎发育异常：在人胚发育过程中，室间隔从心尖部向上生长，房间隔则由心房顶部向下生长，将原始心脏分为左、右两半。上述房间隔和室间隔汇合在房室连接或房室管处。房室管上、下缘间质组织进一步横向生长和扩大而形成心内膜垫，结果将心脏分为左、右两侧的心房和心室。如果心内膜垫和房室隔发育障碍，则可导致心内膜垫缺损畸形。
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