造成性器官整形的病因见于以下几个方面：
包茎及包皮过长
　　两种畸形的包皮虽然都覆盖阴茎，但是有包茎者其包皮不能翻至龟头以上。新生儿的包皮与阴茎的粘连一般在出生后2～3年就可自然消失，这是一种正常的生理现象。包皮过长则只有用手将包皮上翻或当生殖器充分勃起，冠状沟才能露出，平时则包揽整个龟头。
　　生殖器官短小
　　生殖器官先天性发育不良或外伤后部分断离，从而造成生殖器官明显短小，生理反应(即勃起时)达不到正常人长度者。生殖器官短小的人，其第二性征发育多较差，阴茎多存在勃起障碍，严重者甚至还有排尿困难。
　　精索静脉曲张：因精索静脉血液淤积而造成精索蔓状丛血管扩张，迂曲或变长。这种病多数是由精索内静脉血液返流引起，主要症状是站立、行走过久或重体力劳动后，出现阴囊下坠、胀痛、阴囊内曲张静脉形似蚯蚓团块。患者畸形精子增加，可导致不育。
　　隐睾
　　一侧或两侧睾丸未降入阴囊而停留于下降途中任何部位。在阴囊里找不到睾丸，就发生了隐睾症。双侧隐睾可造成男性不育;单侧隐睾也会影响生育能力，还易发生恶性病变。目前临床上为方便诊断，把隐睾划分为五个类型，即：睾丸下降不全型、睾丸发育不良型、垂体功能不全型、挛缩性睾丸以及睾丸异位。
　　鞘膜积液
　　是鞘膜分泌过多或吸收过少致阴囊液体贮积所形成。炎症、外伤、肿瘤等阴囊和睾丸病变均可引起鞘膜积液。根据发生的部位分为四类：一是睾丸鞘膜积液;二是交通鞘膜积液;三是精索鞘膜积液;四是混合鞘膜积液。
　　阴茎的弯曲畸形
　　先天性阴茎弯曲是因阴茎海绵体发育障碍所引起的畸形，阴茎呈向股侧弯曲。根据病变组织的部位与性质将先天性阴茎弯曲划分为三类，即：尿道海绵体及其周围筋膜缺如型、筋膜与白膜发育不良型和内膜发育不良型，其中以尿道海绵体缺如型的弯曲最为严重。本病病人的主要症状是阴茎弯曲，同时伴有排尿及性生活障碍。
　　尿道外口狭窄
　　尿道狭窄分先天性和后天性，其症状可因其程度、范围和发展过程而有不同，主要症状是徘尿困难。
　　尿道下裂
　　尿道下裂是一种常见的男性先天性畸形，不少病例有家族性。其特点是尿道发育不全。尿道外口位置异常，以及阴茎向腹侧弯曲。对尿道下裂病人而言，由于尿道口异位和阴茎弯曲主要带来性生活和排尿困难，精神上与生活上的痛苦同时存在，因此应采取积极的治疗态度。对此类病人的诊断并不十分困难，根据尿道开口位置的不同可将其分为阴茎头型、阴茎型、阴囊型及会阴型，并根据引起弯曲的病理组织情况将阴茎弯曲的程度分为1～3级。