目前尚无特殊有效的治疗方法。主要治疗原则是在加强隔离护理基础上，积极对症治疗，保护心功能维持水电解质平衡，纠正体液酸碱紊乱、提高免疫功能，防治继发感染。
1.加强隔离护理
对疑诊或确诊新生儿CVB感染患儿均应给以有效隔离，奶具、医疗用品、生活用品均应单独清洗消毒。
2.对症处理
脑膜炎型有惊厥时应给予苯巴比妥（鲁米那）、水合氯醛或地西泮（安定）；脑水肿、颅内压增高给予甘露醇、呋塞米等脱水剂；有休克、酸中毒应在扩容、纠酸基础上，加用血管活性药物如多巴胺、酚妥拉明等；DIC可给肝素（早期高凝阶段）；有严重出血、高胆红素血症可采用输血换血等疗法。本病病程中常并发细菌感染，可应用敏感抗生素对症治疗。
3.治疗心肌炎
可试用营养心肌药物如维生素C，1,6-二磷酸果糖，有心力衰竭时可使用利尿剂，强心剂。
4.支持治疗
干扰素是一类在同种细胞上具有广谱抗病毒活性的蛋白质，已陆续报道在CVB感染中有一定疗效。
