1、肛门狭窄：是肛门成形术后常见的并发症。术中充分游离直肠，避免缝合时有张力；术后防止切口感染和直肠回缩，以及定期扩张肛门，是预防和治疗肛门狭窄的有效措施；如狭窄严重，经扩张仍无好转时，可于第一次手术后6个月，再次行瘢痕切除、肛门成形，手术次数越多，对肛门的功能影响越大，对此应十分注意。

2、直肠黏膜外翻：因肛门口径过大，或因瘢痕挛缩致使肛门不能完全关闭，而造成直肠黏膜外翻；每日用温盐水坐浴，促进瘢痕软化，多可随肛门括约肌功能的恢复而自愈；如黏膜外翻较多，经治疗不见好转应予修整。

3、肛门失禁：术后肛门失禁的原因可能为盆腔神经丛或括约肌受损伤引起，多为暂时性，可逐渐好转；另外，由于肛门周围瘢痕较厚而硬，不但肛门狭窄，而且不能完全关闭；或由于肛门口过大、松弛，不能完全闭锁而造成失禁；或为高位畸形，手术时直肠未从耻骨直肠肌环和外括约肌中心穿过，而从其后方通过，失去了控制排便的括约功能；少数病例术后大便失禁是由于先天性脊柱畸形伴随的神经发育不全引起的；故应分析失禁的原因，根据不同情况采取相应的措施，对肛门括约肌收缩无力造成的失禁，可行臀大肌或掌长肌或股薄肌移植术，重建括约肌。

4、瘘管复发：由于尿引流不畅，或切口感染、直肠回缩等因素，可造成瘘管复发，对复发瘘道不必急于二次手术修补，应保持膀胱造瘘口通畅，使尿流改道，控制感染；同时，继续坚持扩肛，保证肛门通畅，以防狭窄；以后肉芽增生，部分病例瘘孔可自行愈合，如瘘口长期不愈，6个月后待瘢痕软化，再次手术修复。