涎腺囊肿的治疗手段以手术治疗为主，不便于进行手术治疗的患者可先用药物及物理手段进行辅助治疗，等时机成熟时在进行手术根治治疗。
急性期采用穿刺抽液以及局部抗生素治疗，暂时消除肿胀，以缓解疼痛、进食困难、说话及呼吸困难等急性期症状。
对症缓解治疗，手术前后常规应用抗生素预防感染。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
对于时常发生在舌尖的小涎腺黏液囊肿，可以先将囊肿内的液体抽尽，然后注入2%碘酊0.2~0.5ml，停留2~3分钟，再将碘酊抽出。这样做的目的是破坏具有分泌功能的上皮细胞，分泌功能丧失后便不再形成囊肿。也可注射20%氯化钠。
手术治疗是最常用的根治手段，不同部位的囊肿，具体手术方式有所不同。
进行囊肿切除前用生理盐水缓慢冲洗导管，判断导管损伤情况，手术时除切除囊肿外，还应将所有受损的导管切除，以免复发。
舌下腺囊肿根治的方法是切除舌下腺。对于不能耐受手术的患者或者无法配合的婴儿，可做简单的袋形缝合术，等到全身情况好转或婴儿长至4~5岁后，再进行舌下腺切除术。
该囊肿最常用的治疗方法为手术切除，将囊肿连同其表面的黏膜部分一起切除。
对于幼儿及不能耐受或不愿手术的的口腔黏液囊肿患者，可采用微波治疗、平阳霉素联合地塞米松硬化治疗。
