该病主要以手术治疗为主，根据肿瘤的大小和发病部位，治疗方式会有所不同。如位于口咽部较小的乳头状瘤，多采用冷冻、激光、电凝等治疗方式；较大的肿瘤则需要手术切除，通常经口进入。而位于喉部的乳头状瘤，最有效的方式是CO2激光切除。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
有研究发现，应用干扰素和其他抗病毒治疗有一定疗效。
咽部乳头状瘤较小时，多采用冷冻、激光、电凝等方式予以切除；肿瘤较大时，根据其发病或累及的部位不同，治疗方式有所差异。
适用于口咽部乳头状瘤患者，一般采用经口进入。
适用于喉部乳头状瘤患者。指在支撑喉镜下使用CO2激光切除肿瘤，手术过程中除了需将肿瘤切除干净外，还应注意保护喉部正常黏膜和麻醉导管免受误伤。
当喉部病变较小或肿瘤蒂不明显时，可以使用活检钳直接夹取切除；病变较大不能一次性完整切除时，可采用活检钳和其他辅助工具共同切除。
术中创面大多会有渗血，一般不需要处理，但若病灶较大、蒂部血管丰富，切除后出血难以自行止住时，可以使用肾上腺素棉球压迫止血。术后患者一般不需要特殊治疗，可适当喝点冰水止血。
如果发生癌变，应按恶性肿瘤手术方法处理。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
医生手持喷射冷冻器，将喷射头对准瘤体根蒂部或瘤体组织，进行冷冻喷射治疗，直至瘤体组织出现均匀的白色霜冻。这种方法虽操作简单，经济实惠，但创伤相对较大，且易误伤周围组织，目前已经很少使用。
医生打开微波系统，左手持血管钳夹住乳头状瘤并露出基底部，右手持微波消融双极探头，对准乳头状瘤蒂基底部进行热凝，反复操作至瘤体完全切除。术后用贝复济喷涂创面。操作相对不便，仅适应于部分口咽部乳头状瘤患者。
