目前认为，新生儿痤疮主要是由于新生儿体内雄性激素水平增多所致。
雄激素水平增多一方面可能是由于孕期母体的雄激素分泌增多，过多的雄激素通过胎盘进入胎儿体内，促进胎儿的皮脂腺增生肥大，分泌旺盛，从而导致暂时性的痤疮产生；另一方面可能因为新生儿自身雄激素水平增多，包括患有某些内分泌疾病、饮食原因等。此外，新生儿痤疮可能与局部皮肤感染马拉色菌或其他细菌定植感染有关。
当宝宝还在母亲体内时，母亲因各种原因导致雄性激素分泌过多，雄激素通过胎盘进入宝宝体内，当宝宝出生后，这些雄激素仍然存在，进而刺激宝宝的皮脂腺增生肥大，分泌旺盛，形成类似“青春痘”的表现。
近几年的研究发现，新生儿皮肤感染马拉色菌与痤疮的发生也有关联。马拉色菌属于一种嗜脂性真菌，该致病菌中所含的脂酶可对婴儿皮脂中的三酰甘油进行分解，又由于毛囊口脱屑闭塞、毛囊发生扩张或破裂，最终导致一系列的炎性反应。
有些母亲喜欢食用辛辣刺激的食物，若在母亲进食了一些辛辣食物之后再进行对宝宝哺乳喂养，新生儿痤疮的症状将会加重。且在怀孕期间若母亲经常食用辛辣刺激性食物，也有可能会导致胎儿出生后新生儿痤疮的发生。
