目前临床咽鼓管阻塞的病因主要包括机械性因素和非机械性因素。其中机械性因素包括腺样体肥大、慢性鼻窦炎、慢性肥厚性鼻炎、上呼吸道炎性疾病、鼻咽部肿瘤、鼻咽部淋巴组织增生等。非机械性因素包括腭帆张肌薄弱、咽鼓管软骨弹性低、腭裂等。
临床研究发现咽鼓管软化是引起咽鼓管阻塞最常见的因素，但是咽鼓管软化的发病机制尚不清楚。
目前对于咽鼓管软化的发生机制尚不明确。
一般是由肺炎链球菌或流感嗜血杆菌引起，其次溶血性链球菌以及金黄色葡萄球菌也可引起上呼吸道感染。
如果腺体逐渐增生肥大，就会在一定程度上压迫咽鼓管，同时慢性腺体样炎症也可能会引起咽鼓管的逆行性感染，最终导致咽鼓管阻塞。
慢性鼻窦炎、慢性肥厚性鼻炎的患者，其鼻涕可能会经鼻后孔到达鼻咽部位，导致咽鼓管周围的粘膜以及附属淋巴组织发生炎症，同时结合其鼻涕、脓液引起咽鼓管阻塞。
对于有鼻咽部肿瘤（鼻咽癌）的患者，肿瘤的不断增大可能会压迫、堵塞咽鼓管咽口，最终导致咽鼓管阻塞。
鼻咽部淋巴组织增生如果长期无法得到根治，会在一定程度上导致咽鼓管阻塞。
对于腭帆张肌薄弱的患者，可能会引起咽鼓管咽口无法自主开放，最终导致咽鼓管阻塞。其次咽鼓管软骨弹性低、腭裂也会引起咽鼓管阻塞。
