新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要。鉴于结核性脑膜炎、脑脓肿、部分治疗的化脓性脑膜炎、颅内肿瘤、其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点。隐球菌脑膜炎和结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别见表1。
表1 隐球菌脑膜炎与结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别
| 病 名 | 隐球菌脑膜炎 | 结核性脑膜炎 | 脑肿瘤 |
| 起病 | 多缓慢，可呈亚急性 | 多呈亚急性 | 慢性 |
| 发热 | 早期不明显，以后多不规则 | 病程中较早出现发热 | 多无发热 |
| 颅神经受累 | 视神经病变及乳头水肿多见 | 视神经乳头水肿少见外展神经受累多见，脉络膜上可见结核结节 | 以外展神经为多 |
| 脑脊液细胞数 | 轻、中度增多，200／mm3以下多见 | 中度增多，200～500／mm3 | 正常或轻度增多 |
| 糖 | 明显减低 | 多数在20～40mg/dl | 正常 |
| 蛋白质 | 轻、中度增加 | 明显增加 | 稍有增高，有蛋白细胞分离现象 |
| 氯化物 | 减低 | 减低 | 正常 |
| 涂片查菌 | 新形隐球菌 | 结核杆菌 | 无 |
| 隐球菌抗原检测 | 阳性 | 阴性 | 阴性 |
| 脑电图 | 弥漫性异常 | 弥漫性异常 | 多有定位性改变 |
| 头颅CT及脑血管造影 | 无特殊改变 | 无特殊改变 | 可有特殊改变 |
皮肤隐球菌病借损害特征、病理及真菌培养而与粉刺、传染性软疣、皮肤结核、孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。
