患者症状通常较轻，主要表现为咽痛、流涕、发热、咳嗽等，病程持续可长达1~2月，并可能伴随有咽炎、喉炎、鼻窦炎等症状。
肺炎衣原体肺炎的潜伏期较长，症状可轻可重，因人而异。
本病最初表现为咽喉肿痛、声音嘶哑、头痛、鼻塞、流涕等，经过1~4周出现发热和咳嗽（以干咳为主）的典型症状。有些患者前期出现咽喉肿痛时经对症治疗可好转，1~3周后又出现呼吸加快、咳嗽加重等症状。
本病病程较长，咳嗽等不适症状可持续1~2月。
本病可伴随咽炎、喉炎、鼻窦炎等，表现为咽喉痛、声音嘶哑、鼻塞流涕等，少数患者还可伴随有咯血等症状。
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