肺炎衣原体感染需与以下疾病进行鉴别。
发热为主要症状，很快进展为呼吸衰竭。此病患者血常规显示白细胞数量不升反降，抗菌药物治疗无明显疗效。肺炎衣原体感染性肺炎血常规显示白细胞数目可升高，抗菌药物治疗有效。
肺炎支原体肺炎、病毒性肺炎、军团菌肺炎等多数肺炎与肺炎衣原体感染引起的肺炎临床症状相似，不易进行鉴别诊断，必须依据病原体的分离培养鉴定和特异性血清学检查。
沙眼衣原体感染需与其他病原体引起的结膜炎进行鉴别，患者表现为结膜充血、分泌物增多、眼睑肿胀等。沙眼表现为乳头增生及滤泡形成、瘢痕形成、角膜血管翳。
