1.取尿道分泌物涂片镜检(男性患者可从阴茎根部向尿道口轻轻挤按尿道，以求获得较多分泌物;无分泌物患者留晨尿离心取沉渣镜检)，高倍镜下(400×)白细胞10～15个以上，油镜下(1000×)白细胞5个以上，无革兰阴性双球菌，即应高度疑此病。
2.病原学检查 沙眼衣原体培养需特殊实验条件，广泛应用较难。现多用特异性单克隆抗体染分泌物涂片，用免疫荧光或免疫酶标技术观察，阳性率达90%以上。核酸扩增法如聚合酶链反应(PCR)和连接酶链反应(LCR)有极好的敏感性。但PCR不推荐用于确诊病人是否治愈，至少不用于治疗结束2周以内的患者，因为对充分治疗的病例，PCR结果阳性的持续时间比培养法长。
