肿瘤性息肉一经发现应予以切除，避免息肉发生恶变，大部分息肉可以在肠镜下完整切除。
非肿瘤性息肉尽管很少发生恶变，但部分情况下单纯靠肉眼难以鉴别肿瘤性息肉和非肿瘤性息肉，仍需肠镜下切除送检来明确息肉的性质。炎性肠病等引起的炎性息肉则需积极治疗原发病。
对于不能通过肠镜切除或切除后发现息肉已经恶变的患者往往需要行手术治疗。
小的息肉可以在肠镜下通过活检钳、圈套器摘除或电凝切除，较大的息肉则需要通过内镜下黏膜切除术（EMR）或内镜黏膜下剥离术（ESD）切除，大部分息肉都能在肠镜下完整切除。
在息肉切除后可能会有短暂的禁食时间，通常1~3天不等，医师会根据肠镜切除息肉的数量和范围来决定，之后可以口服少渣流质，如米汤、牛奶，之后会逐渐过渡到烂面条、粥等，最后恢复到普通饮食。
对于息肉巨大无法通过肠镜完整切除的患者，或巨大直肠息肉离肛门距离近者，可以由外科医生经肛门切除息肉，或开腹，或经腹腔镜切除包含息肉的部分肠管；经肛内镜微创手术（TEM）也是切除直肠巨大息肉或早期直肠癌的手术方式之一。
对于息肉切除后病理结果提示息肉已恶变的患者，应由专业的外科医师根据肿瘤的浸润范围、局部切除彻底性、有无不良肿瘤学特征等，决定是否追加直肠癌根治术。
