1.治疗之前必须明确诊断。在缺乏实验室证据，没有分离出真菌，最好延迟或不进行抗真菌治疗，因为一些少见的微生物如放线菌、阿米巴、厌氧菌都可引起巩膜炎或角巩膜炎。
2.常用抗真菌药物有多烯类、三唑类及其他类。
（1）多烯类抗真菌药：能与敏感真菌细胞膜上的固酶结合，破坏真菌细胞膜的通透性，影响真菌的代谢，从而起到抗真菌作用。二性霉素B，可用葡萄糖配成2～5mg/ml滴眼，高浓度刺激性大，应慎用。结膜下注射或静脉滴注，该药眼内通透性差可损害肾功能，结膜下注射易致结膜坏死。二性霉素溶液不稳定、怕光，应新鲜配制、放冰箱中可保存4天。
（2）那他霉素：为广谱抗真菌药，可配成5%混悬液滴眼。每天不少于20次，巩膜炎或角巩膜炎愈合后，维持2～3周。近年文献报道采用那他霉素联合其他抗真菌药，效果更佳。
