早期诊断、恰当治疗可取得良好效果，关键是寻找并消除病因，合理使用抗真菌药物，追踪并防止复发。
1.无症状性念珠菌尿
非高危传播患者无需治疗，去除易感因素如取出留置导尿管等即可消除念珠菌尿，慎用影像学检查排除脓肿、真菌菌球或尿道异常。高危患者如中性粒细胞减少症者、即将接受尿道手术者应采用针对侵袭性念珠菌病的治疗方法，常用药物包括氟康唑、两性霉素B等。
2.有症状性念珠菌尿
治疗念珠菌性膀胱炎和肾盂肾炎的首选药物是氟康唑。对氟康唑过敏或耐药者，可选择口服氟胞嘧啶，全身应用两性霉素B及两性霉素B进行膀胱冲洗等。膀胱冲洗多用于治疗唑类耐药菌所致难治性膀胱炎。出现真菌菌球的非新生儿患者推荐采用外科手术干预，并给予氟康唑治疗，两性霉素B单独使用或与氟胞嘧啶联用可作备选方案。若进入肾脏集合系统可采用两性霉素B溶液冲洗的辅助疗法。治疗应持续至症状消失，尿液念珠菌培养结果阴性为止。
