影像学检查是诊断颅内蛛网膜囊肿最重要的检查手段。如果CT检查怀疑蛛网膜囊肿，建议进一步行磁共振检查（MRI），提高确诊率。
显示病灶的信号与脑脊液相同，边界清晰。增强扫描病变无强化表现。可以伴有脑组织发育不良，可以伴有临近颅盖骨变薄向外膨隆，部分患者可以合并脑积水、脑室受压等情况。上蛛网膜囊肿显示为脑外的低密度病灶，周边结构可能受压。
显示为长T1长T2信号，也就是说在磁共振T1像上病灶呈低信号；T2像上，病灶呈高信号（白色）。强化后囊肿、囊壁无增强表现。
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