垂体性闭经由于垂体器质性病变或功能失调，影响GnH的分泌，从而影响卵巢功能引起闭经。
1.垂体受损垂体瘤增大可压迫具有分泌GnH功能的细胞;垂体放疗或手术后，脑外伤、颅内炎症等可破坏垂体组织;产后大出血可造成垂体血供障碍而有缺血坏死。上述情况均可使垂体GnH分泌减少而致闭经。
2.原发性垂体促性腺功能低下此病罕见，患者卵巢有始基卵泡，但因垂体GnH分泌低下，卵泡不能生长发育，故为原发性闭经，其内外生殖器官幼稚，第二性征不发育，细胞内性染色质为阳性，核型为46XX，用促性腺激素治疗有效。
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