1.类风湿性关节炎 其关节炎表现甚至X线表现均与本征有相似之处，但一般类风湿关节炎不会同时出现尿道，结膜炎及皮肤粘膜损害。
2.强直性脊柱炎 本征慢性脊柱病变患者必须与强直性脊柱炎相鉴别，两者眼症和X线表现无较大差异，但如先有关节周围炎伴有尿道炎史，特别有溢脓性卡他性皮肤角化病表现，则支持本征。
3.淋病性关节炎 淋球菌性关节炎只限于滑膜;不侵犯关节，故关节液淋球菌培养阴性，但尿道脓性分泌物培养阳性，而本征则查不到淋病双球菌。本征虽有环状龟头炎，但不同志淋病的包皮龟头炎及尿道口红肿表现。本征皮肤损害以及溢脓性皮肤角化病为物特征，淋病则以血管脓疱性皮肤病为特征。
4.脓疱型银屑病 脓疱型银屑病与溢脓性皮肤角化病两者之间在临床和组织学都十分相似，如银屑病累及结膜，则更容量混淆，但银屑病无尿道炎和痢疾史。
5.白塞综合征 白塞综合征无尿道炎和关节炎，本征口腔和阴部损害是水疱破溃后糜烂并结痂，而白塞病则为较深的溃疡;本征极少发生于女性，而后者则女性多见;本征在我国少见，而白塞病并不少见。
尿道炎、关节炎、结膜炎三联症同时出现或在短期内先后出现。皮肤及粘膜的特征性损害。发热、白细胞增多、血沉增快，血清免疫球蛋白增高，C反应蛋白和阳性、白细胞组织相容抗原HLA-B27阳性。尿道分泌物、结膜分泌物、滑膜液及大便病原菌检查。X线特征性表现。除外类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、淋病性关节炎、银屑病性关节炎、肠病性关节炎及白塞综合征等。
