与疖、痈，肛瘘鉴别。疖生长在皮肤，由皮肤突出，顶部呈黄色。痈有多个外孔，内有坏死组织。肛瘘的外口距肛门近，瘘管行向肛门，扪诊有索状物，肛管 内有内口，有肛门直肠脓中病史。而藏毛窦的走行方向，多向颅侧，很少向下。
藏毛窦和藏毛囊肿的主要诊断标志是骶尾部急性脓肿或有分泌的慢性窦道，局部有急性炎症表现，检查时在中线位见到藏毛腔，藏毛窦由症状和体征容易诊断。
藏毛囊肿如无继发感染常无症状，只是骶尾部突起，有的感觉骶尾部疼痛和肿胀。通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓 肿，局部有红、肿、热、痛等急性炎症特点。多自动突破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，少数引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。
藏毛窦静止期在骶尾部中线皮肤处可见不规则小孔，直径约1mm～1cm。周围皮肤红肿变硬，常有瘢痕，有的可见毛发。 探针探查可探入3～4mm，有的可探入10cm，挤压时可排出稀淡臭液体。急性发作期有急性炎症表现，有触痛和红肿，排出较多脓性分泌物，有时发生脓肿和蜂窝组织炎。
