用痰,淋巴结,骨髓,肝组织活检,血,尿或口腔溃疡分泌物培养出组织胞浆菌可以确诊.溶解离心或血沉棕黄层培养能提高血标本的阳性检出率.显微组织病理学检查结果也可有力地提示诊断.经特殊染色的组织标本(Gomori乌落托品银染色,PAS或Gridley银染色)可见巨噬细胞,血单核细胞或中性细胞内具有特征性成簇的,小而卵圆形的酵母菌.伴有艾滋病的广泛感染患者,外周血或血沉棕黄层经赖特或吉姆萨染色可见细胞内的酵母菌.用酶测定或放射性免疫测定,可从血清,尿,脑脊液或支气管肺泡洗出液标本中检出组织胞浆菌抗原.尽管有报道检测组织胞浆菌抗原是敏感和特异的,但已发现与其他真菌(如粗球孢子菌,皮炎芽生菌,巴西副球孢子菌,马内菲青霉菌)存在罕有的交叉反应.然而,该项检测目前只在印第安纳波利斯的组织胞浆菌病参照实验室进行,其结果尚未被其他实验室重复.组织病理学和免疫血清学诊断最终应以培养阳性来确证.