1.新生儿重症肌无力
主要采用血浆交换及抗胆碱酯酶药治疗，加快新生儿肌无力痊愈，临床症状通常2周左右消失。
2.先天性肌无力综合征
抗胆碱酯酶药对面肌和全身骨骼肌无力疗效好，眼肌无力疗效欠佳。曾有危象发作的MG患儿，一旦发热应住院观察治疗，以防意外发生。为应付突然发生肌无力加重及呼吸肌麻痹，患儿父母应学会使用面罩式、手控式、囊式呼吸器和肌内注射新斯的明等。与获得性自身免疫性MG不同，血浆交换、胸腺摘除及皮质类固醇治疗无效。
3.先天性终板Ach酯酶缺乏
无有效的治疗方法，Ach酯酶抑制药无效。
4.慢通道综合征
无有效的治疗方法，抗胆碱酯酶药治疗无效。
5.先天性乙酰胆碱受体缺乏
抗胆碱酯酶药，如嗅吡斯的明（吡啶斯的明）等可缓解患者肌无力症状。
6.药物引起的重症肌无力
药物引起的肌无力的治疗，主要是停服致病药物，维持呼吸功能，试用葡萄糖酸钙、钾盐静脉滴注，逆转运动终板传导阻滞，服用抗胆碱酯酶药等。有家族性重症肌无力证据的患者不用或慎用IFN-α治疗。
