肠道病毒71型感染导致的不同疾病具有不同典型症状。
当肠道病毒71型感染导致疱疹性咽峡炎时，其典型症状为口腔咽喉部出现疱疹，同时可能出现发热、咽痛、咳嗽等类似呼吸道感染的症状和厌食、恶心、呕吐、腹泻等消化道症状。当肠道病毒71型感染导致手足口病时，其典型症状为手、脚、四肢、口腔、臀部出现散在的皮疹或疱疹。严重者可还会出现脑膜炎、脑干脑炎等。
人感染肠道病毒71型后，多数青少年和成年人不出现临床症状，呈隐性感染。
儿童一般会有2~10天的潜伏期，随后出现发热，口腔、手、脚、臀部等部位出现一般不痛、不痒的皮疹或疱疹，疱疹周围可有红晕，同时可能伴有咳嗽、流涕、食欲缺乏等呼吸道或消化道感染症状，多数患者在7~10天后可自愈，少数患者病情进展迅速，在发病1~5天内出现脑膜炎、脑炎等严重并发症，病死率高。
小于6个月的婴儿体内有来自母体的抗体，对肠道病毒71型的感染具有一定的免疫力，感染后一般不会出现相应的临床症状。
青少年和成年人由于在婴幼儿时期多数已经感染过常见的肠道病毒71型，体内具有相应的免疫力，感染后一般也不会出现相应的症状。而10岁以下的儿童由于其体内从母体获得的抗体的消退，缺乏对肠道病毒71型特异性免疫力，感染后发病率高，容易出现手足口病、疱疹性咽峡炎等疾病。
夏秋季是肠道病毒71型感染的高发季节，一旦发现儿童，尤其是3岁以下儿童出现手、脚、四肢、臀部出现疱疹，口腔出现溃疡等典型手足口病相关症状时，或在春夏季，儿童突然出现发热、咽痛、拒食、呕吐等疱疹性咽峡炎典型症状时，应立即带儿童到医院就诊，做好隔离防护，防止病毒蔓延扩散。
