唇裂的确切病因和发病机制目前尚未完全明确，其发病与遗传因素、环境因素有关，并与感染、内分泌、营养等方面有一定关系。
病因尚未明确，现认为其发病主要与遗传因素及环境因素有关。
唇裂表现出明显的家族聚集性，即唇裂的患者在其直系或旁系亲属中也可见类似畸形的发生，说明唇裂与遗传具有一定的关联性。
目前，遗传学研究认为该疾病属于多基因遗传病。
主要指胚胎生长发育的环境，与母亲早孕期是否接触到一些有害环境因素有关。妊娠前三个月，母体生理状态受到有害因素的侵袭或干扰，就可能会影响到中胚叶的发育，造成唇裂。常见有害因素：
此外，妊娠时夫妻高龄也可能会导致患病风险提高。
