急性胃肠炎一般在经过补液、饮食及药物治疗后短时间内可自愈，重症者需纠正酸中毒和电解质紊乱。
慢性病程的胃肠炎需在对症治疗基础上针对病因进行治疗。
大部分胃肠炎疾病并不需要使用抗菌药物进行治疗。
补液是急性期最主要的治疗，医生会根据脱水程度来确定具体的补液的方法、补液量及补液速度。
轻、中度脱水者可予口服补液盐（ORS），严重脱水者需静脉补液，情况改善后改为口服补液。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
适用于腹痛剧烈者，可使用阿托品、复方颠茄片、山莨菪碱等减轻肠道痉挛的程度。炎症性肠病患者慎用。
适用于剧烈呕吐者，可注射甲氧氯普胺。口服或者静脉输注昂丹司琼可能对伴呕吐的年幼患儿有效。
肠黏膜保护剂和吸附剂，如蒙脱石散、果胶、活性炭等；减少水和电解质的过度分泌，如消旋卡多曲；抑制肠道蠕动，如洛哌丁胺、苯乙哌啶。
需要注意的是，对于中毒或感染性胃肠炎患者，如果服用减弱肠道蠕动药物，可能会造成毒素不能有效排出体外，加重中毒症状，因此，对于感染性胃肠炎患者，应在医生指导下斟酌选用此类药物。
适用于上腹饱胀者，常用药物包括多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。
绝大多数儿童，成人轻、中度腹泻患者，不需要抗感染治疗，尤其是病毒导致的急性胃肠炎。
但部分病情较重、免疫力低下的人群需在医生指导下使用抗生素，成人常用的抗生素有氟喹诺酮类，如诺氟沙星（氟哌酸）、环丙沙星等，也可选择磺胺类药物、阿奇霉素、利福昔明等治疗。
氨基水杨酸制剂，如柳氮磺砒啶、美沙拉嗪、奥沙拉嗪、巴柳氮等；激素；免疫抑制剂和生物制剂，如硫唑嘌呤、环孢素、英夫利昔单抗等。
少部分胃肠炎患者，若出现完全性肠梗阻、肠穿孔、消化道大出血等严重并发症时，需手术治疗。
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慢性肠胃炎和急性肠胃炎区别
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