1.病毒性肝炎 需与华支睾吸虫感染早期表现相鉴别。病毒性肝炎早期即可有黄疸、肝脏弥漫性肿大、肝功能损害。肝功能检查、血清免疫学检查、粪虫卵检查可达到明确诊断目的。
2.单纯消化不良 二种疾病均有消化不良症状。根据病史、粪虫卵检查、免疫学检查排除华支睾吸虫感染。
3.阿米巴肝脓肿 发病前有痢疾或腹泻史，然后有发热、肝区痛、大便找到阿米巴滋养体，B超或CT显示肝内有液性占位，肝穿刺见典型的巧克力样脓液。
4.肝片形吸虫病 肝片状吸虫(fasciola hepatica)寄生在草食类家畜和野生动物的肝脏内，主要终宿主为牛、羊、猪，人偶然感染，主要是食用了含该虫囊蚴的水生植物，如水芹菜或饮用被囊蚴污染的生水。本病与华支睾吸虫相似，鉴别主要依靠虫卵检查。
5.肝吸虫与异形吸虫(heterophyes)的混合感染或异形吸虫单独感染 该病在我国已有发现，异形吸虫的生活史与华支睾吸虫的生活史相似，但此虫主要寄生于肠道黏膜深处，可随血流侵入人体其他脏器造成局部栓塞与异位损害。异形吸虫的虫卵与华支睾吸虫的虫卵形态、大小极为相似，应注意鉴别。
