胆管结石病因尚不明确，其中胆道感染、胆道梗阻、胆道寄生虫（蛔虫、华支睾吸虫）、胆汁淤滞、胆管解剖变异、营养不良是引起肝内胆管结石和原发性肝外胆管结石的常见高危因素，胆囊结石掉入胆总管是继发性肝外胆管结石的主要病因。
胆道感染和胆汁淤积是胆管结石形成的基本条件。胆道感染后，胆汁中的细菌分泌葡萄糖醛酸酶、黏液和磷脂酶A1等物质，使胆红素钙过饱和、沉淀形成结石。胆道淤积又加速了胆管结石的形成。
胆管狭窄、胆管梗阻、胆管节段性扩张、胆道内存在异物如蛔虫残体、虫卵等，以及营养不良都可以诱发胆管结石的发生。
