本病会和胆管下段癌和肝内钙化灶有一定的相似之处，医生将从多个方面进行详细检查进行判断。
肝外胆管结石与胆管下段癌均可出现黄疸，胆管下段癌黄疸的典型表现是无痛性进行性加重的黄疸，患者可无腹痛或腹痛较轻，不合并感染时一般不伴寒战高热；胆管结石患者多有腹痛症状，MRCP、CT、ERCP或EUS等检查可见胆管下段或十二指肠壶腹部存在肿物，与本病较易鉴别。
肝内胆管结石与肝内钙化灶，B超下有很相像的表现，但后者通常无相应的胆管扩张，多为体检发现，一般也无明显的症状，有经验的B超医生可以鉴别。
胆管结石有黄疸时易与甲肝、瘀胆性肝炎等肝炎相混淆，肝炎标记物、B超等影像学检查有助于鉴别。
