针对十二指肠炎，主要采取药物治疗，如使用抗幽门螺杆菌、抗酸、提高胃肠动力、保护黏膜等药物。针对药物治疗无效的十二指肠炎，可考虑对迷走神经进行切断的手术治疗。
部分十二指肠炎病情严重，出血量大者，入院后需进行补液，甚至输血等急诊治疗。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
本病一般采用多种药物的联合治疗，常用药物为抗酸药、抑制胃酸分泌的药物、M受体拮抗剂、黏膜保护剂、胃肠动力药，如经检查确定有幽门螺杆菌感染，可使用四联方案根除幽门螺杆菌。
可用氢氧化铝-镁乳合剂，能中和胃酸、降低胃蛋白酶活性，减轻对消化道黏膜的损伤，缓解疼痛。
可根据病人经济承受能力等因素选用。质子泵抑制剂可用奥美拉唑、雷贝拉唑；H2受体拮抗剂可用法莫替丁或雷尼替丁。抑酸剂能抑制胃细胞分泌胃酸，减轻胃酸对已有炎症的黏膜刺激，有效改善腹部不适、消化不良症状，但不能逆转病理学异常。
可选用哌比氮平，抑制胃酸的分泌，同时对胃蛋白酶的分泌也有抑制作用，有助于避免十二指肠黏膜进一步损伤。
胶体铋剂在酸性环境下，能与溃疡和炎症组织的糖蛋白络合形成层保护膜，阻止胃酸、胃蛋白酶的攻击，并有杀灭幽门螺杆菌的作用。
可予多潘立酮、莫沙必利，调整胃窦和十二指肠球部的运动，减少胆汁反流刺激胃酸分泌，流入十二指肠进一步损伤黏膜。
抗生素用于根除幽门螺杆菌，常用的抗生素有阿莫西林、甲硝唑/替硝唑、呋喃唑酮、四环素、克拉霉素等。因单药疗法根除率不足20%，通常二种以上抗生素与抑酸剂合用，形成三联、四联方案，我国一线推荐四联方案。
手术治疗适用于十二指肠炎出现严重并发症，如穿孔、幽门梗阻，症状严重，且药物治疗无效的患者，常用迷走神经切断术加幽门成形术，或者高选择性迷走神经切断术治疗，对于出血严重的患者，必要时还可采用介入栓塞治疗或者外科手术切除。
手术时保留迷走神经肝支和腹腔支，切断供应胃壁和腹腔食管段的所有迷走神经分支，避免了其他内脏功能紊乱的可能性。若手术造成胃窦部迷走神经支配缺失，可能导致胃潴留等问题。为防止手术并发症，可附加胃引流手术，加做幽门成形术或胃-空肠吻合等引流手术。
该手术仅切断胃前、后部分神经分支，保留了迷走神经肝支、腹腔支等，能有效降低胃肠功能的紊乱的风险，降低胃酸和胃蛋白酶的分泌，保留胃窦幽门部以及肠道的生理功能，适用于内科治疗无效的十二指肠炎症。
十二指肠炎属于中医“胃脘痛”范畴。可以使用中药进行缓解治疗，如柴胡、枳壳、白药、甘草、川芎、香附、陈皮、郁金、木香、白术等；疼痛严重患者还可以加元胡；反酸者可以加乌贼骨、大贝、煅瓦楞子；呕血黑便者加三七粉、白及、生藕节、地榆炭、蒲黄炭等。
