腭裂的治疗以外科手术修复为主，结合序列治疗来恢复腭部的解剖形态和生理功能，重建良好的腭咽闭合，恢复正常的语音功能。
还需采用一些非手术治疗，如正畸治疗、缺牙修复、语音训练、心理治疗等。
腭裂修复术是治疗腭裂的主要方法。主要目的是恢复腭部的解剖形态和生理功能，重建腭咽闭合，使患者吸吮、吞咽、语音、听力等功能恢复正常。
通常在8个月到1岁左右进行腭裂整复术，具体时间根据个体情况可以适当调整。手术在全麻下进行。
腭裂修复术比较复杂，且创伤大、失血多，术后并发症也比较严重，因此术前要做好周密的准备。
术前要对患儿进行全面的健康检查，包括体格检查和实验室检查，检查患儿的生长发育、营养状况、心肺功能、血常规、出凝血时间、胸片等，在患儿一般健康状况良好的时候才可进行手术。
术后需对患儿进行严密的护理：
腭部创口缝线多不用拆除，可自行脱落。
成人腭部缝线可在术后2周拆除。术后可以应用抗生素3～5天，预防创口感染。
若手术顺利，腭裂的手术费用约为10000元左右，包括麻醉费用，以及检查费用、药费等，具体费用与不同医院的手术方案有关。
腭裂手术属于医保范围，另外一些慈善组织，如最大的世界性唇腭裂慈善组织也可对患者提供资助。
1岁以内进行腭裂修复的患儿，多不需要进行语音训练。大年龄腭裂患者，可能存在继发不良发音习惯，术后通常需要语音训练。
术后2～3个月可开始进行语音训练，纠正错误的发音和构音方式，学会正常的语音方式。
语音训练分为发音器官的练习、控制气流方向的练习、正确构音的练习等，并可针对不同类型的语音障碍制定不同的训练方法。
语音训练前应进行腭咽闭合功能评估，具备良好腭咽闭合功能才能有效进行语音训练。
腭裂患者的正畸治疗应从新生儿开始到成年贯穿整个生长发育期。需在专业的正畸医师指导下进行治疗。
完全性唇腭裂患者牙槽突裂部位常有牙缺失或牙畸形，在正畸治疗后需用假牙来修复缺失牙或改善牙齿的形态。
腭裂患者可能因语音障碍、听力障碍影响与他人交流，因颌骨发育障碍导致面部畸形而产生一定的心理压力，因此家长应关注孩子的心理健康。
