大部分患者需要通过手术治疗来修补瘘口，少部分患者的小瘘口若才出现不久，通过保守治疗可自行愈合。
少部分患者的小瘘口若才出现不久，通过禁食，静脉补充营养素等保守治疗，有望自行愈合。
手术治疗前1周用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，每日2次，每次15分钟。
保持外阴及肛周清洁干燥，有皮炎时可涂抹醋酸尿素软膏或1%氧化锌软膏，术前两天起每日冲洗阴道1~2次。
大部分患者需要进行手术修补瘘口，手术过程包括将阴道壁与直肠壁分离，切除瘘管及周围的组织，然后分别缝合直肠壁与阴道壁的瘘孔，具体的手术方法根据粪瘘的类型及复杂程度而定。
应立即手术修补，手术方式可以经阴道、经直肠或经腹途径进行瘘修补术。
患者15岁左右月经来潮后，再进行手术，以免过早手术容易造成阴道狭窄。
患者如果是因产程过长、胎头压迫导致直肠坏死引起的粪瘘，应待产后3~6个月，炎症消退，瘢痕组织软化，再进行手术修补。
常常愈合能力不佳，需要通过自体组织移植来改善血供，提高瘘修补术的成功率。
需要先行乙状结肠造瘘，再行修补手术。
术前口服肠道抗生素3日以抑制肠道细菌，术前3~5日以无渣半流食为主，术前1天禁食，术前晚及手术当日早晨行清洁灌肠。
术后需要禁食，通过静脉输注营养物质，同时口服抑制肠蠕动的药物，之后术后第5日起，从饮水开始逐渐过渡为少渣饮食，口服药物软化大便，让患者逐渐恢复正常排便。
