反流性食管炎的治疗目的是快速缓解症状、治愈本病，减少疾病复发，同时预防并发症并提高患者的生活质量。在进行病因治疗的同时，也要注意饮食、休息等一般治疗。
反流性食管炎患者在避免抗反流物屏障减弱的同时，也需要进行抑制胃酸分泌和促进胃排空的治疗，减少胃酸、胃蛋白酶和胆汁等反流物的直接损伤。必要时可考虑内镜治疗和手术治疗。
减少反流发生的措施包括：
主要包含以下几类：
强力抑酸剂PPI具有理想的抑酸效果，能较快的缓解患者的症状，使得反流性食管炎具有较高的愈合率。
此类药物能促进胃的排空，从而减少食管反流。
PPI几乎可以愈合所有的反流性食管炎，但三分之二的患者在停药后都会出现症状复发，因此对于接受抑酸治疗的患者，可能还需要维持治疗，以此预防复发。
患者使用制酸剂，可通过中和胃酸来缓解症状。该疗法不能对反流性食管炎起到愈合效果，但可以吸附胆汁，缓解或解除反流性食管炎的症状。
手术治疗以抗反流手术治疗为主，最常见手术方式为腹腔镜胃底折叠术。该手术主要借助腹腔镜来完成，医生将患者的胃部包裹部分食管，通过胃内压对食管增加压力，如此一来食物就较难从胃反流到食管。内镜治疗在国内也早有开展，但其有效性尚待进一步证实。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
