鼠疫的潜伏期较短，一般在1~6天之间，多为2~3天，个别病例可达8~9天。其中，腺型和皮肤型鼠疫的潜伏期较长，约为2~8天；原发性肺鼠疫和败血型鼠疫的潜伏期较短，约为1~3天。
鼠疫主要表现为发病急剧，寒战、高热、体温骤升至39~41℃，呈稽留热，剧烈头痛，有时出现中枢性呕吐、呼吸急促、心动过速、血压下降。
重症患者早期即可出现血压下降、意识不清、谵妄等。
最为常见，除具有鼠疫的全身表现以外，受侵部位所属淋巴结肿大为其主要特点。好发部位依次为腹股沟淋巴结、腋下、颈部及颌下淋巴结，多为单侧。
淋巴结肿大与发热同时出现，表现为迅速的弥漫性淋巴结肿胀，典型的表现为淋巴结明显触痛而坚硬，与皮下组织粘连，失去移动性，周围组织显著水肿，可有充血和出血。由于疼痛剧烈，患者常呈被动体位。
原发肺鼠疫起病急骤，寒战高热，在起病24~36小时内可发生剧烈胸痛、咳嗽、咳大量泡沫粉红色或鲜红色血痰；呼吸急促并呼吸困难；肺部仅可闻及少量散在湿啰音或轻微的胸膜摩擦音，较少的肺部体征与严重的全身症状常不相称。
胸部X线可见多叶段分布的斑片状边缘模糊的高密度阴影。若不及时给予有效治疗，患者多于发病2~3天后死于中毒性休克、呼吸衰竭和心力衰竭。
继发性肺鼠疫是在腺鼠疫或败血型鼠疫症状基础上，病情突然加剧，出现原发性肺鼠疫呼吸系统表现。
分为原发性和继发性两种类型。
感染鼠疫菌后尚未出现局部症状即发展为败血症的为原发败血型鼠疫。
继发性者病初有肺鼠疫、腺鼠疫或其他类型的相应表现而病情进一步加重。主要表现为寒战高热或体温不升、神志不清，谵妄或昏迷，进而发生感染性休克。
病情进展异常迅猛，常于1~3天死亡。因皮肤广泛出血、瘀斑、发绀、坏死，故死后尸体呈紫黑色，俗称”黑死病”。
如肠鼠疫、脑膜炎型鼠疫、眼鼠疫、皮肤鼠疫等，均少见。
