肛瘘诊治的关键在于寻找瘘管内口的正确位置。
少数病例可通过肛门指诊的方法直接定位。肛门指诊时可以在齿状线处触及硬结或凹陷，按压瘘管可有分泌物流出，即为瘘管内口。
大部分病例的瘘管内口隐蔽，甚至闭合，需要通过外口、顺沿瘘管找到内口位置，具体分为“看、摸、探、灌、照、切”6种方法。
即视诊。根据Goodsall规律，即患者处于
即肛门指诊，低位肛瘘指诊即可确定内口位置。若瘘管位置深、瘘管未完全成形或属于括约肌间的病例，则需要进一步检查明确内口位置。
用软质探针自外口探入，沿瘘管探查内口，此法适用于单纯性肛瘘，并应先排除瘘管闭塞、瘘管弯曲等情况。操作需轻柔，避免因暴力操作造成假性窦道和内口。
经过上述方法后仍不能找到内口位置时，还可自外口注入亚甲蓝溶液1~2ml，通过观察填入肛管及直肠下端的白纱布条的染色部位判断内口位置。此法同样需要以瘘管畅通作为前提。
即影像学手段，目前B超在临床上广泛应用，有经验的医师可通过B超确定瘘管的位置、范围、与括约肌的关系和内口的位置。MRI则能更加清晰的显示瘘管的位置及与括约肌的关系、明确瘘管内口位置及数目。
如若内口位置最后都无法确认，则只能切开瘘管、沿着瘢痕与坏死组织边切边寻找内口。
血常规检查：属入院常规检查。多数症状稳定的肛瘘患者血像正常，在并发急性脓肿导致全身症状的肛瘘患者可出现血象升高。
影像学检查（X线造影、经肛肛管彩超、MRI等）用于辅助诊断，且有助于制订手术方案。
此法用于判断瘘管内口位置，为临床上常用检查手段之一。
当碘油造影无法明确瘘管内口位置时，可行B超检查，该检查对于位置较浅表的瘘管可明确其位置、范围、与括约肌的位置关系以及瘘内口的位置。其阳性检出率较高，有助于早期与其他肛周疾病进行鉴别。
对于位置深在的瘘管，B超显影不清晰，而MRI能清晰显示各处瘘管的数量、大小、位置、与括约肌的关系，部分病例能通过MRI找到其内口的位置。
对于复杂、多次手术的、病因不明的肛瘘患者，应做钡灌肠或结肠镜检查，以排除克罗恩病及溃疡性结肠炎的存在。
