手术是治疗肛瘘的主要手段，基本原则是：去除病灶、通畅引流，尽可能减少肛管括约肌损伤，保护肛门功能。
由于肛瘘的复杂性和一些特殊的病理背景，肛瘘术后有一定的复发率。鉴于高位复杂性肛瘘的特殊病理和生理环境及肛门功能的重要性, “带瘘生存”，亦可作为一个原则加以选择，不应为盲目追求手术根治而忽视其可能带来的严重并发症。中药治疗仅限于患者恢复期的调整和暂不适合手术者。
肛瘘有间歇期和发作期，间歇期无明显症状，此时可不用药，发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能立即手术，可采取药物治疗暂时缓解症状。
手术治疗原则是将瘘管切开或切除，形成开放的创面利于愈合。手术的关键是要明确瘘管的行程和内口位置，医生会尽可能减少患者肛门括约肌的损伤，同时避免患者肛瘘复发。目前肛瘘手术主要包括4种。
将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅、切口逐渐愈合。适用于低位肛瘘。
是利用橡皮筋或医用线缓慢切开肛瘘瘘管的方法。适用于距肛缘3~5cm以内，有内外口的低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。具有能适当保护肛门功能、减少肛门失禁风险的优点。
切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合，若创面较大，可部分缝合，部分敞开，适用于低位单纯性肛瘘或高位肛瘘结构中瘘管成熟的较低部分或括约肌外侧部分。
复杂性肛瘘的手术需要充分、慎重评估术后肛门功能及肛瘘复发风险，若预期比较差，医生可能会考虑让患者带瘘生活。
肛瘘的中医证型包括湿热下注证、正虚邪恋证、阴液亏损证等，可到正规医疗机构接受中医诊治。
用于不能手术者、术前、术后辅助治疗。清热利湿法用于湿热下注证；托里透毒法用于正虚邪恋证；养阴清热法用于阴液亏损证。现代肛瘘术后前期应用以上治法，后期应用益气健脾等治法。
包括插药脱管疗法、挂线疗法、熏洗法、外敷法、枯痔法、结扎法、针刺法、引导法等。目前临床上常由的有外治八法：扩创引流；去腐剔异；除疤拔管；拔毒生肌；敛疮收口；拔罐缩腔；堵漏生肌；贴敷箍毒。
堵塞法：该法适用于单纯性肛瘘患者发作期，0.5%甲硝唑、生理盐水冲洗瘘管后，用生物蛋白胶自外口注入。此法虽然可以做到无创无痛，但治愈率低。
