甲真菌病的实验室检查主要包括真菌镜检、真菌培养、组织病理学以及分子生物学检测。
真菌镜检与培养一直是诊断甲真菌病的金标准，但由于其受到标本采集、检验技术及培养条件等多种因素的影响，真菌检出的阳性率一直不高，甲组织病理可以弥补这些不足，当发现在病甲组织标本中有真菌菌丝或孢子时，诊断可以确立。
分子生物学检测主要利用聚合酶链反应（PCR）技术，具有检测迅速、灵敏性高以及特异性强的优点，但缺点是操作繁琐，还有一定的假阳性与假阴性可能，一般只作为检测手段的一种补充。目前国内外多采用多重PCR等手段来诊断甲真菌病。
