棘阿米巴性角巩膜炎的治疗尚有争议。棘阿米巴以包囊和滋养体2种状态存在，需长期治疗。治疗包括0.1%依西双溴丙脒、新霉素-多黏菌素（neomycin-polymyxin）和局部1%咪康唑滴眼液或眼膏，次数先频后减，疗程4周以上。并加口服酮康唑和伊曲康唑。
若怀疑存在继发性细菌感染或细菌培养呈阳性，应当考虑适当使用抗生素，以局部应用为主，全身应用抗生素要少。主要目的是解除疼痛和消除炎症。
在某些情况下，局部使用糖皮质激素，有助于炎症的消退。但对棘阿米巴性巩膜炎是否是绝对适应证，尚有争议。糖皮质激素治疗可能具有双重作用，一是能抑制棘阿米巴的包囊形成和脱包囊过程；二是能使包囊对抗阿米巴药产生耐药性。使用宜慎重。
若病灶局限，药物治疗失败或药物治疗后残留严重的影响视力的角膜基质混浊，可行穿透性角膜移植。为防止术后复发，术后需要继续药物治疗。
