医生经常会通过仔细观察患者的生殖器和肛门区域来辨认尖锐湿疣。如果存在肉眼可见的尖锐湿疣，通常不需要更多的检测就能确定诊断。
对于一些微小的尖锐湿疣，目前可见借助于皮肤镜检查帮助诊断。
特异性较低，对于不典型的病变，试验结果不可靠。如果已经确诊了尖锐湿疣，可以考虑用醋酸白试验来判断病变程度及可能累及的区域。也有助于可疑病变区域的观察，进而对目标区域进行活检或切除。
当尖锐湿疣的皮损不典型（例如表现为色素沉着、硬化、生长迅速、出血或溃疡），或医生认为必要时，可通过活检后的组织病理检查帮助诊断。
活检属于一种小手术，由医生选择典型的皮损，局部麻醉，用手术刀切除一小块病变组织，然后制成病理切片。
活检也可用于以下情形（尤其是患者免疫功能不全时）：
活检后典型组织病理表现：表皮乳头瘤样增生伴角化不全，颗粒层和棘层上部细胞可有明显的空泡形成，胞质着色淡，核浓缩深染，核周围有透亮的晕（学术名称为凹空细胞），这是特征性改变。另外可以见到真皮浅层毛细血管扩张，周围常有较多炎性细胞浸润。
国际上不推荐使用HPV的分子生物学检测（检查遗传物质DNA）来诊断尖锐湿疣，因为检测结果并不确定，也不能指导尖锐湿疣的治疗。另外，目前无法仅通过醋酸白试验或HPV病毒的DNA检测来诊断HPV亚临床感染。
对于女性，某些高危型HPV会引起宫颈细胞异常增生，子宫颈细胞涂片结果会有异常。30岁以上的女性可以在子宫颈细胞涂片检查的同时接受HPV筛查。HPV筛查就是检测病毒的DNA。30岁以下的女性通常只会在子宫颈细胞涂片结果异常时才进行HPV筛查。
