主要与咽白喉、猩红热、樊尚咽峡炎、单核细胞增多症性咽峡炎、粒细胞缺乏症性咽峡炎以及白血病性咽峡炎等相鉴别。
致病菌是白喉杆菌，患者有咽痛症状，咽部可有特征性的灰白色假膜，超出扁桃体范围，不易拭去。另外，患者精神萎靡、低热，呈现特殊的全身中毒症状。血常规白细胞计数一般无变化，咽拭子涂片及培养可找到白喉杆菌。
梭形杆菌及樊尚螺旋体感染引起的亚急性扁桃体炎，患者可表现为咽痛和全身症状，易与化脓性扁桃体炎混淆。但樊尚式咽峡炎患者常单侧咽痛，全身症状比较轻。其特征为病变常局限于一侧扁桃体，覆有灰色或黄色的假膜，易于拭去，擦去后可见下面有溃疡，常可累及牙龈。血常规白细胞计数略有升高，咽拭子涂片可见致病菌。
患者急性期也有体温升高等全身症状，与急性扁桃体炎不同的是，咽部一般不痛，且单侧扁桃体肿大，继而表面坏死，表面覆有灰白色假膜，还可能发生全身性出血和衰竭。血常规中可发现白细胞增多，分类以原始白细胞和幼稚白细胞为主。
