感染性急性胃肠炎根据病原体不同，分为细菌性、病毒性、寄生虫性等。非感染性急性胃肠炎见于
应激、药物、
酗酒或
食物过敏等。
病毒感染
对于成人来说，病毒感染导致急性胃肠炎的比例远超其他病原体；寒冷季节的婴幼儿腹泻80%由病毒感染引起。大部分胃肠炎主要由四种病原体所致：
轮状病毒、
诺如病毒、
腺病毒、
星状病毒。
主要感染婴儿与儿童，尤其是6~24个月的婴幼儿，是婴幼儿腹泻最常见的病原体。
主要感染年长儿童和成人。可通过食物、水、患者呕吐物进入空气，以气溶胶形式传播，很容易引起暴发，是成人病毒性腹泻最常见病原体。
同时，该病毒也是集体机构暴发性肠胃炎的首要致病源，如餐馆、托幼机构、医院、学校、军营、游船、养老院等地点，因常呈暴发性，从而造成突发公共卫生问题。
细菌感染
进食被细菌污染的食物后可引起，即食物中毒，也可因接触带菌者或饮用生水引起。
寄生虫感染
进食生冷、过热、大量酸性等刺激性强的食物，摄入有毒植物、蘑菇、外来海产品、化学毒素，服用胃肠道刺激性药物（如阿司匹林）、酗酒、海鲜过敏、重金属中毒等可引起非感染性急性胃肠炎。
低龄
年龄越小，越可能发生急性胃肠炎，且低龄儿（＜6个月）与腹泻的严重程度、持续时间相关。
喂养方式
以母乳喂养为主的婴幼儿发生急性胃肠炎的风险较低，婴幼儿早期发生严重腹泻或长时间腹泻可能与过早断奶有关。
潜在的慢性疾病或免疫缺陷
营养不良、免疫缺陷患儿发生重症腹泻的风险较大，甚至迁延不愈，进展为慢性胃肠炎。
环境/社会-经济学因素
托儿所、社会经济等级低更易导致中重度及迁延性腹泻。
饮食不洁，包括食用被苍蝇、带菌者或患者污染的不洁饮食，饮用生水，食用生肉、变质食物、冰箱里长期存放的食物或冰冻的食物等；
近期有旅行或疫区接触史；
免疫力低下或营养不良；
长期大量使用抗生素等。
