口腔黏膜病的病因和发病机制较为复杂，多数尚未完全明确，且除少数类型和局部因素如口腔黏膜受创伤、刺激等有关外，大多数与全身因素相关，包括免疫异常、精神紧张、遗传因素、感染因素、内分泌紊乱、营养代谢不良、消化系统疾病、血液系统等因素所致。
口腔黏膜病的发病多与机体的免疫状态、内分泌水平和病原微生物感染等相关，具体如下。
常见致病微生物包括疱疹病毒、柯萨奇病毒、乳头状瘤病毒、念珠菌、苍白螺旋体等，多在机体免疫力低下时侵入机体导致口腔黏膜病。
体液免疫异常、自身免疫反应及细胞免疫异常等是高危因素，可导致免疫功能紊乱、免疫功能缺陷或自身免疫性疾病，进而增加疾病发生可能性。
部分疾病类型如复发性口腔溃疡、口腔扁平苔癣等存在家族聚集现象，提示可能有一定的遗传倾向。
内分泌紊乱、雌激素水平可能与发病有关，如部分女性常于经前期发作口腔溃疡、或于孕期停止发作口腔溃疡。
包括患者的心理环境、生活工作环境和社会环境等多种因素，复发性阿弗他溃疡、口腔扁平苔藓、灼口综合征的发生均与这些因素有关。
维生素缺乏、创伤、咀嚼槟榔、吸烟等也可能诱发口腔黏膜病。
