无菌性脑膜炎需与流行性腮腺炎伴脑膜脑炎、流行性乙型脑炎、结核性脑膜炎相鉴别。
急性心肌炎、心包炎、新生儿及小儿出现心肌炎 、心包炎须与其他急性感染、肺炎、败血症等鉴别,如快速进展伴有皮疹、脑脊液改变或出现心力衰竭、心律失常等表现,应注意肠道病毒感染可能,确诊依赖于病原学检查。
疱疹性咽峡炎、手足口病需与单纯性疱疹鉴别,后者多为散发,无流行性及季节性,疱疹多出现在皮肤黏膜交界处,但口腔任何部位都可发生。
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