详细的采集病史和体检是诊断溃疡性结肠炎的临床基础。医生需了解如下问题：
包括患者的年龄、职业、是否吸烟、吸毒、酗酒、是否有近期外出史等。
是否有用药史，特别是非甾体抗炎药和抗菌药物，阑尾手术切除史等。
首发症状如腹泻和便血开始及持续的时间，是否有口、皮肤、关节、眼等肠外表现，肛周有无异常。
观察一般状况和营养状态，并进行细致的腹部、肛周、会阴检查和直肠指检。
血红蛋白降低、白细胞数增加、血沉增快和C-反应蛋白增高是活动期的标志。
肉眼观察常有黏液脓血，显微镜检见红细胞和脓细胞。粪便病原学检查的目的是排除感染性结肠炎，为本病诊断的一个重要步骤， 需要反复多次进行，至少三次。
结肠镜检查并活检是诊断的关键。结肠镜检查遇肠腔狭窄镜端无法通过时，可应用钡剂灌肠检查、肠道超声检查、CT结肠成像检查显示结肠镜检查未及部位。
X线钡剂灌肠、小肠检查、自身抗体检查。
